动画《超进化物语》是一部描述男女主角跨越平行世界的奇幻故事。故事的主人公是名叫藤原拓海的高中生，而故事的开头也是发生在他开启跨越平行世界的之旅之时。
拓海在一次踏上列车的旅行中，意外穿越到了并行世界，遇见了一位自称拥有控制平行世界能力的神秘女性——莉莉娅。为了回到自己的世界，藤原和莉莉娅一同踏上了穿越世界的旅行。在这段旅途中，他们将面对来自不同世界的种种危险和敌人，同时也认识了许多志同道合的伙伴。
除了跨越平行世界的奇幻感，本作还充满了各种明快的音乐、可爱的角色、精美的画面等元素。各个角色都有着不同的经历和背景，给观众带来了不少惊喜和回味。